Прием стимулирующих психоактивных веществ имеет нежелательные последствия для организма. Алкалоид обладает такими побочными эффектами:

рост толерантности к нему (он приводит к употреблению все больших доз);
формирование зависимости;
развитие стимуляторного психоза с синдромом отмены;
развитие депрессии при резком прекращении регулярного приема;
ощущение утомления;
бессонница ночью и сонливость в дневное время;
дрожание пальцев рук и ног;
тахикардия и прочие виды сердечных аритмий;
непродолжительная гипертензия;
тошнота или рвота;
дегидратация;
истощение, развитие астенического синдрома;
увеличение суточного объема выделения мочи;
учащение дыхания.
При продолжительном приеме больших доз этого стимулятора нарушается состояние пациентов с психическими заболеваниями, в частности, с чрезмерной тревожностью и депрессивными эпизодами. Если употреблять бодрящий напиток натощак, вероятно обострение язвенной болезни, развития желудочно-кишечных расстройств. У некоторых людей возможно непродолжительное повышение артериального давления. Хотя клинически доказано, что сам кофеин не является фактором развития гипертензии.

Влияние кофеина на детей и беременных требует детального исследования.